Urusan pengelolaan pendapatan dan keuangan daerah Kabupaten Wonosobo telah mengalami beberapa kali transformasi dalam penataan kelembagaan Pemerintah Kabupaten Wonosobo.
Sebelum tahun 2001 Pengelolaan Pendapatan diampu oleh Dinas Pendapatan Daerah, sedangkan pengelolaan Keuangan diampu oleh Bagian Keuangan Sekretaris Daerah Tingkat II Wonosobo, dengan ditetapkannya Peraturan Daerah Nomor 03 Tahun 2001 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Lembaga – Lembaga Teknis Daerah Kabupaten Wonosobo, Pengelolaan Pendapatan dan Keuangan daerah disatukan dalam Badan Pengelolaan Keuangan Daerah (BPKD) Kabupaten Wonosobo.
Pada Tahun 2005, Badan Pengelolaan Keuangan Daerah (BPKD) menjadi Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah (DPPKAD). Secara uraian tugas dan fungsi masih pengelolaan pendapatan dan keuangan, namun ditambah fungsi lagi untuk pengelolaan aset daerah yang sewaktu masih BPKD pengelolaan aset daerah dikelola oleh Bagian Umum Setda Kab. Wonosobo.
Berdasarkan Peraturan Daerah Kabupaten Wonosobo Nomor 3 Tahun 2014 tentang Organisasi Perangkat Daerah Kabupaten Wonosobo, urusan pengelolaan pendapatan dan urusan pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah dipisah lagi. Pengelolaan Pendapatan diampu oleh Dinas Pendapatan Daerah Kabupaten Wonosobo, sedangkan urusan pengelolaan keuangan dan aset daerah diampu oleh Bagian Keuangan Sekretariat Daerah Kabupaten Wonosobo.
Pada perkembangan berikutnya, Pengelolaan Pendapatan yang diampu oleh Dinas Pendapatan Daerah, dan Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah yang diampu oleh Bagian Keuangan Sekretariat Daerah Kabupaten Wonosobo dilebur kembali menjadi Badan Pengelolaan Pendapatan, Keuangan dan Aset Daerah yang ditetapkan dengan Keputusan Bupati Wonosobo Nomor 54 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas Dan Fungsi Serta Tata Kerja Badan Pengelolaan Pendapatan, Keuangan Dan Aset Daerah Kabupaten Wonosobo
